眾所矚目的台大校長第一階段遴選，幾乎已經到了「見真章」的關頭，但「刻意排綠」、「黑箱作業」、「選自己人」的質疑聲不斷。但遴選委員會始終沒有正式對外說明。

台大校長第一階段遴選作業，即將在3月20日校務會議中選出最高票的2至3名，再送到教育部進行第二階段遴選。但從去年三月，校長遴選辦法出爐，接著七月遴選委員會成立之初，就傳出中研院院長李遠哲被排除在遴選委員會之外，直到今年二月下旬，第一階段遴選結果前衛生署長陳建仁意外落馬，前理學院院長康明昌亦未過半數門檻。據傳陳建仁是因「表達不理想」未獲得遴選過半，也有一說是陳「太親扁政府」，但並未獲證實。

對此，台大分子與細胞生物研究所教授陳榮銳，與資工系教授高成炎相繼抨擊，校長遴選委員會始終沒有公開說明，為何陳建仁、康明昌沒有過半，根本是黑箱作業。遴選委員會過度排除黨政色彩結果，反而引人聯想是否刻意「排綠」？

不僅遴選委員備受質疑，令外界不解的是第一階段遴選的六人，清一色都是台大校內教授，包括現任副校長吳靜雄、前任副校長彭旭明、現任教務長陳泰然、前任教務長李嗣涔、台大社科院長包宗和，以及台大工學院院長楊永斌等。讓人懷疑台大根本是關起門來自己選，這樣閉門造車，如何躋身世界百大？

一位不願具名的委員表示，問題就出在校長遴選辦法。該名委員表示，最初報名參選的還有旅居國外的學者，但校長遴選辦法中，15位遴選委員中有12位是校內人士，在不了解國外學者的情況下，自然比較信任自己熟悉的校內教授，今天產生這樣的結果，他也感到遺憾。

他建議，以後校內的委員應該減少到一半，甚至可以參考清大的校長遴選，根本無須經過動輒數百人的校務會議，意見紛呈，無濟於事，而由健全的遴選委員會主導。 .....2005-03-14【台灣日報】